Po usunięciu joannitów przez Napoleona w XVIII wieku, kościół przeszedł pod zarząd arcybiskupa Malty. Na początku XIX wieku, został ten kościół klasztorny podniósł przez papieża do rangi konkatedry, gdyż katedra, faktyczna siedziba arcybiskupa, znajdowała się już w mieście Mdina. Fasada kościoła jest prosta i skromna. Odwiedzający są tym bardziej zaskoczeni wspaniałym wystrojem wnętrz.

Główna nawa kościoła joannitów ma 53 metry długości i z kaplicami po obu stronach ma 15 metrów szerokości. Ołtarz główny został wykonany z rzadkich gatunków marmuru. Kolumny, łuki i ściany są misternie zdobione złotem i ornamentami. Sklepienie jest pokryte pięknymi obrazami. Ten blask zawdzięcza kościół przede wszystkim Mattii Pretti, włoskiemu malarzowi i rycerzowi zakonu joannitów.

Do wspaniałego wyposażenia kościoła przyczynili się również joannici z Malty. Każdy z nich musiał przynieść cenne prezenty podczas przyjęcia do zakonu. Na podłodze katedry widoczne są liczne (łącznie 375) płyty nagrobne. Tutaj pochowani są rycerze zakonu. Płyty są wykonane z kolorowego marmuru. Widoczne są na nich inskrypcje, herby, ale także różne symboliczne przedstawienia. Kaplice zostały, zgodnie z uchwałą z 1601 roku, przydzielone poszczególnym "językom" (narodowościom) zakonu. Podczas Wielkiego Oblężenia walczyli tu rycerze z Niemiec, Włoch, Francji, Prowansji, Owernii, Aragonii i Kastylii. Każda kaplica imponuje wspaniałymi ołtarzami, misternymi obrazami i rzeźbami. W krypcie katedry znajdują się groby pierwszych Wielkich Mistrzów zakonu, którzy zmarli po ukończeniu budowy kościoła. Przez oratorium prowadzi wejście do muzeum. Znajdują się tutaj cenne tapiserie, historyczne stroje z XVII-XVIII wieku, księgi liturgiczne, obrazy i dzieła sztuki sakralnej. Najbardziej imponujący kościół w Valletcie, Konkatedra św. Jana, jest codziennie odwiedzany przez tłumy ludzi. Dzięki audio urządzeniom można uzyskać wiele informacje na temat poszczególnych elementów katedry. Robienie zdjęć jest dozwolone - oczywisście bez lampy błyskowej. Kościół jest dostępny dla turystów tylko w określonych godzinach. W czasie mszy zwiedzanie jest zabronione Naprawdę warto odwiedzić tą czarującą, historyczną stolicę Malty.